De Raad van Toezicht (RvT) bepaalt de SWOV-strategie en stelt daarnaast de volgende zaken vast: begrotingen, financiële verslagen, aanvragen tot verlening van de doelsubsidie, financieel meerjarenplannen en jaarverslagen.
De Raad van Toezicht komt vier maal per jaar bijeen en bestond op 31 december 2016 uit:
dhr. mr. P.J. Biesheuvel (onafhankelijk voorzitter)
Waarnemer ministerie van Infrastructuur en Milieu: mw. drs. R. Clabbers.